ggplot2| 绘制KEGG气泡图

2019-07-24 本文已影响65人生信补给站

对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。

本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。

一载入数据集和R包

library(ggplot2)

pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)

head(pathway)

不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致，但是这几列几乎都会有。

二绘制KEGG气泡图

2.1初始化数据并绘制散点图

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point()

可在以下几个方面进行优化：

A：标题，横纵坐标轴；

B：按照通路上基因的多少定义点的大小；

C：根据P值定义点的颜色；

2.2 修改点的大小

#按照Gene个数定义点的大小

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() +geom_point(aes(size=Gene))

2.3 修改点的颜色

#定义连续型的配色ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high ="red")

三汇总展示

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+

geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+

scale_color_gradient(low="green",high ="red")+#

labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene",

##expression函数定义函数样式 []添加下标，^添加上标

x="Pvalue",##自定义标轴

y="Pathway name",title="Pathway enrichment")+##自定义坐标轴

theme_bw()#去掉背景

四参考资料

ggplot2：数据分析与图形艺术

好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。

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