TCGA RNA测序ID转换一文就够

“为了解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满”

01—研究背景

前段时间，小编给小伙伴们系统的介绍了转录组分析过程中的常用数据格式，如count数据格式、RPKM与FPKM等数据格式以及数据格式之间相互转换的原理。今天小编将用示例进行演示，给小伙伴们解决在使用TCGA数据做数据分析时各种数据转化问题，话不多说直接看教程，干货满满

快跟着小编一起学习一下工具

网址导航

http://sangerbox.com/Tool 点击“TCGA RNA-seq简易转换器”

02—使用方法

功能一：不同数据类型之间的转换

----------

方法1  Count数转为FPKM

1.输入参数选择

2.输入之前与输入之后的文件对比

方法2  FPKM数转为TPM

1. 输入参数选择

2. 输入之前与输入之后的文件对比

功能二：不同数值变换，对表达矩阵中数据进行对数或指数变换，只适用于FPKM和TPM不适用于count数据。

----------

1. 输入参数选择

2. 输入之前与输入之后的文件对比

功能三：提取编码基因、提取lncRNA，能将表达矩阵中的ENSG ID和Symbol相互转化。

----------

方法1

将ENSG ID转化为Symbol，这里的symbol包括编码基因与非编码基因

1.输入参数选择

2.输入之前与输入之后的文件对比

方法2

将ENSG ID转化为指定的编码基因与非编码基因Symbol，如常见的Gene Symbol、lncRNA Symbol等

1.输入参数选择，以提取Gene Symbol

2. 输入之前与输入之后的文件