MitoZ之circos可视化 2020-06-23

前言：

在已获得gbf格式文件下，可自行使用circos作图；在安装MitoZ时，已创建了mitozEnv虚拟环境，并且已在这个虚拟环境下装好了circos=0.69等其它可视化所需要的软件;
如果没有安装circos=0.69在基础环境路径，则需要自行提前安装

1. 已装好的circo
   image.png
2. 环境变量下的conda关闭状态

## >>> conda initialize >>>
## !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
#__conda_setup="$('/software/bin/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
#if [ $? -eq 0 ]; then
#    eval "$__conda_setup"
#else
#    if [ -f "/software/bin/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
#        . "/software/bin/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
#    else
#        export PATH="/software/bin/miniconda3/bin:$PATH"
#    fi
#fi
#unset __conda_setup
## <<< conda initialize <<<

需要注意的问题：

• 首先要开启conda，否则就有circos path is bad !的报错
• 再激活安装好了circos的mitozEnv虚拟环境，source activate mitozEnv

perl draw_circos_for_mitogenome_auto_depth.pl  -gb <*.mitogenome.gb> -conf <*.conf>

接下来是在已经有了depth等文件下直接跑circos

7596941 6月  23 18:12 circos.bam
4129 6月  23 20:14 circos.conf
208044 6月  23 18:12 circos.dep
284598 6月  23 18:11 circos.depth.txt
5637 6月  23 18:11 circos.fa.gc.txt
5469 6月  23 18:11 circos.features.txt
715 6月  23 18:11 circos.gene.text.txt
30 6月  23 18:11 circos.karyotype.txt
480828 6月  23 20:15 circos.png
34 6月  23 18:11 circos.strand.text.txt

1. 配置好circos.conf，将输出文件设置为当前

#-----------------image------------------
<image>
###<<include etc/image.conf>>
dir   = ./
file  = circos.png
png   = yes
svg   = yes

注: 后面配置文件有省略

2. 在(mitozEnv)虚拟环境下，应该直接用这个命令：circos -conf circos.conf即可画图