数量遗传或生统rice related analysisR

氮循环对应KO号

2019-04-08  本文已影响39人  赵会成

https://www.genome.jp/kegg/ko.html

KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因,会把和其同源的基因所有基因都归为一类,就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的功能作为这个KO的功能

原理:基于同源基因具有相似功能的假设,把每个基因的功能进行了扩充,对于某个物种中功能研究的很清楚的基因,在不同的物种间搜寻该基因的同源基因,将这些同源基因定义为一个orthology, 用该基因的功能作为该orthology 的功能;这样就将对于不同物种基因功能的研究都利用起来,提供了一个全面的研究基因功能的数据库

氮循环pathway

https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?map00910

KEGG的自动注释

KEGG Automatic Annotation Server,KEGG的自动注释服务简称KAAS。

http://www.genome.jp/tools/kaas/ 

就是你提交一段蛋白质序列或者基因序列(必须是fasta格式),它自动在内部进行相似性比对,找到最相似的基因,并确定检索基因的KO分类,然后给出这些基因所在的代谢通路并以以不同的颜色标示这些基因。

代谢通路中各种符号标识:

一般,KEGG中存在两种代谢图:

① reference pathway,根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,为白色小框,在KEGG中名字以map开头;

② species-specific pathway,绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写

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