lnc RNA学习笔记
概述
非编码RNA，根据其长度的不同可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA。转录本序列长度在200 bp 以上的非编码RNA 通常被称为长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）。
目前，lncRNA的发现主要是通过以下三种途径：
- 传统的遗传学手段（如Xist、H19、HOTAIR以及植物中的HID1等）；
- 芯片方法（如乳腺癌、胰腺癌、肝癌等癌症相关的lncRNA等）；
- 高通量RNA-seq方法鉴定(新的lncRNA等)。
分类
许多lncRNA都具有保守的二级结构，剪切形式以及亚细胞定位，这种保守性和特异性表明它们是具有功能的。但lncRNA的功能相对于microRNA和蛋白质的功能来说更加难以确定，因为目前并不能仅根据序列或者结构来推测它们的功能。根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置， lncRNA可以分为五类：
（1）Antisense lncRNA (反义lncRNA) 与相反链上的转录产物部分或完全互补
（2）Enhancer lncRNA (增强子lncRNA) 由蛋白质编码基因的增强子区域产生
（3）Large intergenic noncoding RNA (lincRNA) 由位于蛋白质编码基因之间的序列独立转录
（4）Bidirectional lncRNA (双向lncRNA) 与蛋白质编码基因共享相同的启动子，但转录方向相反
（5）Intronic transcript lncRNA (内含子lncRNA) 由基因的内含子产生
另circRNA，由转录产物剪接并形成共价闭合的环状RNA。通常单独做cirRNA鉴定分析，在此作为特殊的分类。
lncRNA分类
功能
lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，但近期研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。
根据其所处位置的不同，其发挥的作用也不相同。核内lncRNA占lncRNA的大多数，通过招募染色质调节因子（chromatin modifiers）到DNA上来发挥调节作用，或者作为一些核糖核蛋白的脚手架来发挥作用。而胞浆中的lncRNA作用于基因的转录后水平的调节，如作为miRNA海绵（可以是环状结构，也可以是线性结构），抑制miRNA对mRNA的作用。同时lncRNA还可以影响到RNA的半衰期。
可总结如下：
- 作为RNA诱饵，结合转录因子，干扰其与基因promoter区域的结合，从而调控转录；
- 作为分子海绵，吸附miRNA，抑制其与mRNA的结合，使得mRNA免于降解；
- 作为蛋白互作的支架或桥梁，影响蛋白多聚物的形成，调控蛋白活性；招募染色质修饰因子，改变染色质的修饰水平，从而影响基因的转录和表达；
- 与mRNA配对结合，抑制翻译；
- 与mRNA配对结合，影响剪切；
- 与mRNA配对结合，影响mRNA的稳定性。
lncRNA数据库
常用lnc数据库：NONCODE lncRNAdb LncRNome starBase lncRNASNP2 LncRNADisease
综合型数据库：RNAcentral
