chipseeker包的一些参数上的理解

关于tssRegion参数：

理解：
1、
TSS是： 转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基
它的上游是promoter
它的下游就是相应的基因

2、做注释的时候，需要找到离TSS最近的基因，离结合位点最近的基因更有可能被调控
所以annotatePeak就是可以查看peak上下游某个范围内（比如说-3k到3k的距离）都有什么基因。
只要peaks和TSS上下游的定义的区域，比如说-3k到3k的距离，有交集，那么这个peaks就可以被定义为promoter。

3、chipseeker的使用报告里面是写着，默认的tssRegion是+-3000的范围。

image.png

4、但是我在网上找到的很多流程，对于tssRegion的范围，
tssRegion = c(-2500, 2500)
有的是1000
有的是3000
也是有2000的？
不过也没说，为什么要取这个范围值？？？

5、我的上一次流程里面，x用的是1000。
是想看到，TSS附近1000以内的基因。

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6、chipseeker的使用报告：seq2gene函数，用于将基因组区域与基因进行多对多映射。它考虑了宿主基因（外显子/内含子），启动子区域和基因间区域的侧翼基因，这些基因可能受顺式调控。此功能旨在将编码和非编码基因组区域链接到编码基因，并促进功能分析。
flankDistance = 3000,是想看左右3000的距离上有什么基因？

gene <- seq2gene(peak, tssRegion = c(-1000, 1000), flankDistance = 3000, TxDb=txdb)

7、总的来说，网上找了这么些资料,感觉还是不太理解这些范围的调节选择？
①、annotatePeak的时候，tssRegion究竟取多少才好？一般是用默认的3000。
如果调大一点，调到5000，找到的基因多一点吗？
如果调小一点，调到1000，是基因少一点，准确性高一点？

②、后面在做KEGG的时候，tssRegion ，选择，和前面annotatePeak，不需要一致。
但是选择多少比较合适？