单细胞多组学系列学习笔记汇总
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单细胞转录组数据分析
Seurat包学习笔记
Seurat包学习笔记（一）：Guided Clustering Tutorial
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Seurat包学习笔记（二）：Integration and Label Transfer
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Seurat包学习笔记（三）：Analysis of spatial datasets
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Seurat包学习笔记（四）：Using sctransform in Seurat
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Seurat包学习笔记（五）：Using Seurat with multi-modal data
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Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration
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Seurat包学习笔记（七）：Stimulated vs Control PBMCs
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Seurat包学习笔记（八）：Cell-Cycle Scoring and Regression
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Seurat包学习笔记（九）：Differential expression testing
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Seurat包学习笔记（十）：New data visualization methods in v3.0
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Scater包学习笔记
使用scater包进行单细胞测序分析（一）：数据导入与SCESet对象构建
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使用scater包进行单细胞测序分析（三）：数据降维与可视化
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Monocle2包学习笔记
Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle
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Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells
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Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
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Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis
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Palantir包学习笔记
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Phate包学习笔记
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使用phate包复现science immunology文章的结果
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单细胞表观组数据分析
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Fig. 1. Schematic overview of a typical single-cell ATAC sequencing analysis workflow.
CellRanger-ATAC学习笔记
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）
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使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）
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Signac包学习笔记
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（二）：Motif analysis with Signac
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（四）：Merging objects
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SnapATAC包学习笔记
使用SnapATAC软件分析单细胞ATAC-seq数据（一）：SnapATAC简介与安装
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使用SnapATAC软件分析单细胞ATAC-seq数据（二）：10X Adult Mouse Brain
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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative scATAC-seq and scRNA-seq
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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（四）：Integrative 10X and snATAC
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Cicero包学习笔记
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installing
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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectory
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单细胞类型注释分析
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SingleR包学习笔记
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Celaref包学习笔记
使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref Overview and Installation
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使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（二）：Using the package
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使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（三）：Example Analyses
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CHETAH包学习笔记
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Garnett包学习笔记
使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（一）：Train cell type classifiers
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使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（二）：Classify your cells
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CellAssign包学习笔记
使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（一）：Constructing marker genes
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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（二）：Assigning single-cells to cell types
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单细胞免疫组库数据分析
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（一）：包的简介与安装
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（三）：处理单细胞配对链数据
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（四）：Basic analysis and clonality
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（五）：Repertoire overlap
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（六）：Gene usage analysis
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（七）：Diversity estimation
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（八）：Track clonotypes across samples
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（九）：Annotate clonotypes
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使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（十）：Kmer and sequence motif analysis
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单细胞转录组数据分析实战
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断
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scCustomize包学习笔记
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projectLSI包学习笔记
projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中
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simspec包学习笔记
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思维导图
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