Graphpad绘制生存曲线

在有关差异表达基因和生物标志物模型分析中，经常会见到生存曲线分析。如下图所示，生存曲线是文献中常见的分析图，结合临床数据，可以验证某个基因或模型作为疾病复发诊断和预后标志物。

那么如何使用Graphpad绘制生存曲线呢？我们就以下图为例，来一步步演示吧。

Graphpad绘制生存曲线的操作视频，附bilibili高清视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV185411s7it/

以下是图文版教程。

1  数据准备

绘制生存曲线需要生存时间、生存状态、基因表达量和分组信息，将数据整理成表格。示例文件如示例数据.xlsx所示，选择time、status、risk三列数据进行分析。

（1）patient：患者编号；（2）time：生存时间；（3）status：生存状态，其中0表示存活，1表示死亡；（4）expression：基因的表达量（或模型的风险评分）；（5）risk：按照基因表达量（或模型的风险评分）高低分成2组，这里0表示表达量低的组，1表示表达量高的组。

2  Graphpad中计算p值

接下来，打开Graphpad，选择Survival，点击Create。

将Excel中相关的数据复制到Graphpad中。

点击Results中Survival of Data1的Curve comparision，其中Log-rank (Mantel-Cox) test中的P value就是我们需要的p值。

3  绘制生存曲线

点击Graphs中的Data 1，选择其中第一种图Staircase with ticks,在Show result as:中选择Fractions，点击OK。

双击坐标轴，修改相关参数。点击X axis，取消选择Automatically determine the range and interval。修改Minimum（x轴最小值）、Maximum（x轴最大值）和Major ticks interval（坐标间隔）。

双击绘图区域，在Data set中选择Survival of Data 1:Survival proportions:low，首先点击Graph Settings，选择第2个图Point to point, no error bars。返回Appearance修改Shape（形状）、Border color（颜色）、Border thickness（线宽）、Show legend（图例）等参数；将Data set修改成Survival of Data 1:Survival proportions:high，修改相同的参数。

修改图片和坐标轴标题，将图例移动到合适的位置，生存曲线图就绘制完成了。