生信小思考：Bisulfite 转化，重亚硫酸盐转化？

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  （小小吐槽一下，许久未更新，做实验累到跪。。。。。更扎心的是还做不出来。。。。祝我好运吧，后续会把笔记一一贴出来~）
  今天老板在组会上讲到一个小问题：现在大家都常说bisulfite转化，什么是bisulfite？亚硫酸氢盐转化和重亚硫酸盐转化是一个东西吗？为什么不选择亚硝酸盐呢？

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Q：首先我们需要明白一个问题：Bisulfite转化的目的是什么？

A：可以将未甲基化的C变成U，而甲基化的C则不变。在随后的测序中寻找甲基化的信息。

Q：我们经常听到重亚硫酸盐转化和亚硫酸氢盐转化，这两个是一个东西嘛？
A：个人认为亚硫酸盐和亚硫酸氢盐肯定是不一样的。一个是正盐，一个是酸式盐。

但是！

带着好奇去查了一下这个bisulfite的翻译（来自bing翻译）

bing翻译

感觉好像真相了、、、、、、

此外，我还查到了BS转化的最原始的文章，一篇92年的PNAS

原文的材料和方法

看来除了sodium bisulfite（亚硫酸氢盐）之外，还可以用hydroquinone（对苯二酚）进行转化。
原文链接：A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands.

Q：为什么亚硝酸盐不行呢？

  亚硝酸（nitrous acid, NA）有氧化脱氨作用，可使A 和C脱氨后分别产生次黄嘌呤I 和U ，使A∶T转换成G∶C , C∶G转换成A∶T
这个就不能分辨甲基化和未甲基化的信息了，所以不采取。

Q：甲基化的转化还有别的改进吗？

19年的2月25号在 Nature Biotechnology ( IF 35.724 )online了一篇文章：
Bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at base resolution
1：他们开发出来TAPS（TET-assisted pyridine borane sequencing，TET辅助的吡啶硼烷测序法），这种方法的是一种破坏性较小，能有效替代亚硫酸氢盐测序法。

2：如今研究人员经过不断改善已经能将TAPS的反应效率从70%提高到95%以上，此外研究者还开发出了两种TAPS版本：TAPS-β和CAPS，其都能分别用来检测5mC和5hmC修饰。

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ref:
1:https://www.nature.com/articles/s41587-019-0041-2
2:http://www.hebeicdc.com/news/2019/03-05/18736.html
3:https://www.pnas.org/content/89/5/1827
后记：
可能有人会纳闷，这个可能没有探究的意义，但是知其然要知其所以然。问题多想想，此外，还要多多关注一下文献发展动态呀~