miniconda的安装与使用

检查有没有bzip2

下图表示有这个软件，会输出相关信息。

如果没有，会报command not found,我们yum install -ybzip2安装

安装miniconda

百度miniconda,找到linux版本，右键复制下载地址。
先cd biosoft文件，然后wget + 刚才的链接，enter就可以了

这样是安装失败的
重新安装，bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一直enter，出现下面的界面按yes

之后出现这个，直接enter

出现这个，yes

激活，source ~/ .bashrc，如果没有安装成功，rm miniconda,记得返回前面bash重来。

激活之后，输入conda,看到满屏的就是激活成功了。

接下来添加镜像

新手安装不需要remove 所以加了井号。如果曾经添加过国内镜像，需要去掉下一行行首的#再运行第一行。

# conda config --remove-key channels 

conda config --add channels r 

conda config --add channels conda-forge 

conda config --add channels bioconda

使用conda

conda list--查看当前软件列表
conda search fastqc--搜索软件fastqc
conda install fastqc -y--安装软件fastqc(-y是自动安装)
conda remove fastqc -y--卸载软件fastqc

配置不同conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
-----出自生信星球

查看环境

conda info --envs (前面带*的就是默认的)

目前只有一个环境

建立新环境

比如处理转录组数据了，先建立一个rna-seq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

安装成功后，输入conda info --envs查看当前环境，可以看到有两个

激活新环境，conda activate rna-seq

发现root前面多了rna-seq，输入fastqc出现很多信息，表示安装成功了。

卸载环境中的软件

1.卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
2.要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除，使用 conda deactivate
3.卸载环境conda remove -n rna-seq --all