cellranger 6.0

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）
CellRanger初探
cellranger使用的初步探索（1）
单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读


cellranger初体验

看了一圈发现，很多需要单细胞测序的基础知识。但是这玩意学过不用马上就忘了，我忘得差不多了。所以先找一下基础知识，作为铺垫。然后弄个结构清晰的目录，这样学起来就快多了。

一般拿到单细胞测序，比如10X之后，下一步就要比对，然后获取read count matrix，可以理解为很多cell的基因表达矩阵。

整体来说，cellranger这个软件内容十分丰富，整合了大量的第三方工具，因此解压需要一段时间，解压完成后导入环境变量，按照官方要求，还要进行安装检测，看一下安装是否完整；

Cell Ranger 是什么？

Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套针对单细胞 RNA 测序输出结果进行比对、定量、聚类及基因表达分析的分析流程，它包含有与单细胞基因表达分析相关的四个pipelines，分别是：

'cellranger mkfastq' #将Illumina得到的原始的 raw base call (BCL) 文件转为FASTQ

cellranger count # 其功能为将 cellranger mkfastq 产生的或其他来源的 FASTQ 文件进行比对、过滤、barcode 计数以及 UMI 计数，并可以生成 feature-barcode 定量矩阵，随后确定细胞群并进行基因表达分析。

cellranger aggr # 针对多个样本的情况，把count合并而且标准化成相同的测序深度之后，再计算gene-barcode矩阵

cellranger reanalyze #将count或者aggr得到的gene-barcode 矩阵进行降维、聚类

10X Genomics的专属算法和RNA测序比对软件STAR结合，可以得到BAM、MEX、CSV、HDF5、HTML的标准格式的结果。

对于input，cellranger要求fastq格式的数据，可以通过cellranger mkfastq转换、illumina的bcl2fastq转换、已发布数据集、cellranger bamtofastq转换得到。