GSAman | 修修补补：预测CDS时记录phase，实时自动

GSAman v0.6.38 发布，对应的是第 38 个版本。大体每天会更新 1 个以上版本，每个版本都有一些增强。现发布一个阶段性版本....这个版本与之前的版本有不同，整体是 GSAman 内测至今，用户提出过的，或者我想得到的功能，均一概开发完毕。换句话说，To Do List 完全清空。
如此也好，也就没啥念想了。最后这个版本主要更新两个实用功能。

预测CDS时同步计算phase

phase也就是相位信息。逻辑上外显子内含子的分布模式在同一家族同一分支的成员上非常保守；在不同物种直系同源基因上，更是相同。当然，似乎也有一些软件需要相位信息，用于具体分析。当然，我个人基本用不上。尽管事实上，我们完全可以猜想到，如果基因存在移码，那么相位信息倒是可以用上来确保一些翻译准确？
无论如此，新版本中「Predict CDS」时，会自动加上 phase 信息。

实时自动检测可变剪切位点模式

在基因结构注释矫正时，我们常常会需要调整外显子边界，这个时候，一般会参考生物中最为常见，几乎是99%以上的内含子边界序列，也就是「GT-AG」。如果我们调整外显子边界时，并不符合「GT-AG」模式时，更大的可能还是搞错了。如何更好的利用这个信息帮助我们矫正注释？最好是软件会自动检测。思来想去，我决定新增一个菜单选项。

如此，可以确保调整边界时快速定位。如果结合IGV默认竖线的提示魔改功能，比如

那么操作起来，就更简便了。

写在最后

还是那句话，「万万没想到，想着干两个小时就完了的事情，一干干了一个月」。不过，了却一桩心事倒也挺好。我想，以后只要遇到「基因结构注释矫正」的工作，那么应该不再犯难。任何人只要打开 GSAman 就可以了。