ScType 数据库（https://sctype.app）

生信人文章：
https://mp.weixin.qq.com/s/z0pSF8pUC7awegxmKBxwpg

在GitHub上提供了可供使用的R包集代码（https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type/）

开源 R 实现（https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type）

ScType数据库（https://sctype.app/database.php）

总体而言，当前版本的ScType数据库包括17个人体组织中194种细胞类型的3，980个细胞标记物和17个小鼠组织中194种细胞类型的4，212个细胞标记。

先跑下范例数据

##########ScType 示范数据集----

#Quick start

# load libraries and functions

#加载三个包

#install.packages("HGNChelper")

lapply(c("dplyr","Seurat","HGNChelper"), library, character.only = T)

#加载写好的代码

source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/gene_sets_prepare.R");

source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/sctype_score_.R")

# get cell-type-specific gene sets from our in-built database (DB)

#加载参考基因集ScTypeDB_short.xlsx，提取其中的Immune system

gs_list = gene_sets_prepare("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/ScTypeDB_short.xlsx",

                            "Immune system") # e.g. Immune system, Liver, Pancreas, Kidney, Eye, Brain

#细胞类型中阳性和阴性标记基因

gs_list$gs_positive

gs_list$gs_negative

# assign cell types

#load example scRNA-seq matrix

scRNAseqData = readRDS(gzcon(url('https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/exampleData.RDS')));

#注释

es.max = sctype_score(scRNAseqData = scRNAseqData, scaled = TRUE, gs = gs_list$gs_positive, gs2 = gs_list$gs_negative)

# View results, cell-type by cell matrix. See the complete example below

View(es.max)