我觉得结果有问题，一定是你写的程序有bug

我想，很多写过代码的人，都可能会遇到类似的情况。而我也是，TBtools写了也有几年了。可以说，几乎每一个功能释放出来，都经过我个人的测试，甚至一些可以找到类似功能实现的情况下，我会做结果对比。
整体上，如果从 TBtools 跑出来的结果，如果和其他软件有不同，那么目前为止，几乎只有两种结果：

1. 用户用错了，而且常常是用错其他软件而不是TBtools，因为 TBtools 充分考虑了用户的多元化输入
2. 其他软件、流程、平台错了

前前后后，一上来就说是“你的TBtools有 bug ”的状态，后面又啪啪打脸的大体包括但不仅限于下述几个功能：

1. KEGG 富集分析结果跟其他平台出来不同，结果是其他平台有问题，TBtools是对的
2. dn/ds 计算有问题，和dnasp结果不同，结果用户输入文件有问题，导致dnasp计算结果有误，TBtools又是对的
3. 串联重复分析结果有问题，跟他自己命令行跑的有区别，结果是 MCScanX 的串联重复输出结果本来就不太全面，TBtools有自己的计算逻辑补全了不少假阴性，结果更全更准更好，TBtools还是对的
4. 你的代表性转录本提取跟某公司给的脚本运行结果不一样，文件更大，结果是某公司按照mRNA直接跨度而不是CDS最大长度给你拿代表性转录本，于是TBtools仍是对的
5. 热图的legend显示是1,2,4,8,16,32,64，明显大大超过输入的最高数字49？你的程序有bug！早期的 TBtools 所有热图出图，都是默认取log2(x+1)。从 Legend 就可以看出来，如果不需要，完全可以直接调整参数，去掉该选项
   
   事实上，两年前的TBtools版本已经强制更新，默认不再取log，因为这个更符合用户认知（牺牲了默认的log可以更好映射到高度离散的基因表达量的模式）。所以TBtools总是对的。

为了让一些朋友不要有太多的意见，我甚至放弃了最适合参数而采用最通用的参数。比如层次聚类

很多软件用的是最长距离法（complete），但是平均聚类法（average）更适合绝大多数数据。早期用 average，聚类出来的结果自然和常见的热图工具默认聚类模式不同（如pheatmap）。但是就有人不乐意了，“你的程序有问题，跟别人的都不一样”。
我也不能说什么，后来累了。不管了，那就随大流，默认“complete”，反正只要跟其他软件都一样，就不会有人问。于是再也没人提起。

永远不要对别人说“你的代码有bug”......