bam文件截取指定长度的序列

2021-03-22  本文已影响0人  今天没回家

截取长度在50-100的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) > 50 && length($10) < 100 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam

截取长度为50,51的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) ==50  || length($10) == 51 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam
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