bam文件截取指定长度的序列
2021-03-22 本文已影响0人
今天没回家
截取长度在50-100的序列
samtools view -h test.bam | awk 'length($10) > 50 && length($10) < 100 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam
截取长度为50,51的序列
samtools view -h test.bam | awk 'length($10) ==50 || length($10) == 51 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam