复现NC图表：Krona绘制嵌套饼图

今天的内容基本无代码。我们要复现的是一篇NC文章的嵌套饼图。图是饼图，特点是有多层。对于多层饼图的R语言实现，网上有教程（包括简单的pie、ggplot2以及其他的R包），自行百度。这里我们介绍Krona这个工具，有windows版本，也有Linux版本，使用起来更加方便！

1、下载Krona（windows使用）

Krona类似于于一个绿色软件，我们下载它的windows版本（Excel），链接地址：https://github.com/marbl/Krona/releases/。。使用起来很简单，解压压缩文件，点击文件夹中的install_Windows.vbs文件，就可以安装了。使用的时候打开文件夹里面的Krona.xltm文件，excel的既视感。

打开之后就有示例，这篇NC文章提供了数据，我们直接使用它的数据好了。将数据粘贴到这个表中，Granola列（grams）是数值，Categroy1、2、3分别是第一、二、三级分类。数据粘贴好之后，点击上方的Creat chart就完成了，生成的是html文件。 html文件建议用火狐浏览器打开，点击页面snapshot，就可以将文件下载为svg格式了，用AI打开就是矢量图。

2、Linux下载Krona

Krona也是可以进行命令行操作的，下载很简单使用conda即可。

conda install krona

然后进行数据整理，数据不能有列名，数据的顺序分别是，第一列是数值，后面依次是第一、二、三级分类。将文件保存为text文件。分析也是ktImportText命令一行代码完成。

ktImportText cell.txt -o cell.html

然后下载到本地即可，因为linux默认是火狐浏览器，所以下载的html文件用本地任何浏览器打开都可以使用snapshot保存为svg。

3、单细胞比例（升华一下）

Krona其实主要的应用在于绘制物种或功能组成圈图，但是实质是嵌套饼图，所以我想这个内容是可以拓展应用一下的，希望小伙伴在使用其他代码的时候也能思考拓展。单细胞比例我们也可以使用Krona嵌套饼图实现。第一层是样本，第二层是细胞类型，第三层是亚群等等。首先我们提取需要的数据，按照Krona格式要求整理。

setwd('D:/嵌套扇形图')
library(Seurat)
df <- table(uterus$celltype, uterus$integrated_snn_res.0.1, uterus$orig.ident)
df <- as.data.frame(df)
colnames(df) <- c('celltype', 'cluster','orig.ident','cellnumber')
df$cluster <- paste('cluster','',df$cluster)
df <- df[,c('cellnumber','orig.ident','celltype','cluster')]
write.csv(df, file = 'scRNA_cell.csv')

作图是一样的，效果如下：

好了，这就是所有内容了，Krona其他的功能还需要小伙伴自己探究学习。觉得分享有用的，点个赞、分享一下再走呗！