Error in array(col.rgb[, i], dim

2023-03-23  本文已影响0人  scdzzdw

使用pathview时遇到一个error,初始代码如下:

pathview(gene.data  = df_gene_KO$KEGG_ko,
                                     pathway.id = mapID,
                                     species = "ko",
                                     limit = list(gene=1, cpd=1),
                                     out.suffix = "suffix")

部分pathway可以正常生成,如ko00970

ko00970.A9_12_up.png
但是部分pathway无法生成,报错,如ko01230
ko01230.png
仔细对比发现,这两幅图的区别在于:
ko00970图中基因Kxxxxx是矩形方框,所以可以添加颜色;ko01230中基因Kxxxxx是线条,无法添加颜色

解决办法:
不要将颜色添加在同一图层,修改参数same.layer = T,代码如下:

pathview(gene.data  = df_gene_KO$KEGG_ko,
                                     pathway.id = mapID,
                                     species = "ko",
                                     limit = list(gene=1, cpd=1),
                                     out.suffix = "suffix",
                                      same.layer = T)

生成图形:


ko01230.suffix.png
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