KnockTF:转录因子敲出/低的表达谱整合性数据库
2019-10-23 本文已影响0人
生信杂谈
今天介绍一个转录因子相关的数据库KnockTF，它提供了大量将转录因子（TF）敲出/低的人类表达谱数据集，以及转录因子的其他注释信息，包括靶基因、肿瘤组织中的表达量，功能富集分析等。
KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集，这些TF被敲出/低，并且跨越多种组织/细胞类型，表达谱数据来自AnimalTFDB ，TcoF-DB 和ENCODE，转录因子启动子及相关表观遗传信息来自UCSC、roadmap等数据库。
此外，KnockTF构建了一个TF差异表达的基因网络，并对感兴趣的基因集进行网络分析，例如子网络位置，拓扑分析和超几何富集。
我们可以直接搜索感兴趣的转录因子、或者靶基因或者组织。如我们直接搜索转录因子，KnockTF将会列出该转录因子的数据来源、组织、文献等信息。
随便选择一个数据集，将会列出该转录因子的靶基因：
敲除/低该转录因子的功能富集分析：
该转录因子发挥调控功能的靶基因富集分析：
肿瘤组织中的表达量(TCGA)：
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