【群体结构】CLUMPP软件使用

2021-02-21 本文已影响0人群体遗传学

最近在做群体结构分析，群体结构三剑客：structure、pac和kinship。这边我主要用的软件是structure，毕竟比较老牌，正常一个K值只要1天时间，我感觉还能接受。在structure获得输出结果后，需要利用CLUMPP对多次循环的K矩阵进行合并。

CLUMPP的安装

官网网址：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html，进行简单的一个注册之后，就可以跳转到下载链接。
下载与安装

wget https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/software/CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz
tar zxvf CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz #解压即可用

CLUMPP的使用

对structure的循环结果进行提取，构建成CLUMPP的输入文件格式。

CLUMPP的示例数据格式为：
在这里插入图片描述
因为这里他也是K值为3的时候，所以只有5列。
第1列：材料编号
第2-4列：K的成分比例
第5列：单株的数目(通常取1即可）

下面为我提取structure的结果的一个脚本，我设置的循环数为5，分别从0-4，结果文件分别为structure.out.3.0_f，structure.out.3.1_f，structure.out.3.2_f，structure.out.3.3_f，structure.out.3.4_f。

my(@line,$flag,$num,$i);
open OUT, ">241map.popfile";    #文件输出名
for($i=0;$i<=4;$i++){
        $flag=0;
        $num=1;
        open IN, "structure.out.3.".$i."_f";    # 只针对K=3
        while(<IN>){
                chomp;
                if(/^Inferred ancestry/){
                        $flag=1;
                }
                if($flag==1){
                        @line=split/\s+/;

                        if(scalar(@line)==8){
                             print OUT $num.": ".$line[5]." ".$line[6]." ".$line[7]." 1\n";
                        }elsif(scalar(@line)==7){
                                print OUT $num.": ".$line[4]." ".$line[5]." ".$line[6]." 1\n";
                        }
                }

                if(/Estimated Allele Frequencies in each cluster/){
                        $flag=0;
                }
                $num++;
        }
        print OUT "\n";
}