[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下，一网打尽芯片，测序数据
2019-03-17 本文已影响68人
医科研
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先来假设一个问题，想分析一套芯片或测试的表达矩阵数据，然后不会R语言？那我们该怎么做？下面 step by step ，首先来到网页版神器的界面：
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首页咱们就不看了，网页总的来讲非常干净，能做的分析大家可以看下，其实就是一整套的分析流程，一般的公司顺便做的那种流程基本就是这样了，不，远没有这么丰富。 这里有一个比较重要的一点就是，准备好自己的数据格式，跟网页要求的一样： 给大家留个链接：https://idepsite.wordpress.com/data-format/ 工具的作者准备好的，自己导入的数据格式要准备下哈。
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看看这个图不就是用 R语言分析预处理的过程嘛，注意哦这些高清图片是可供下载的！ 充分满足大家的需求：
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等等，还有惊喜：
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查看自己感兴趣的基因表达， 高颜值图片可下载
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高颜值可交互式调节的聚类热图免费送
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还有惊喜：
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可以放到Paper里的PCA分析
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高颜值火山图免费领，这样的图白介素同学自己用 R做都不一定有它好看，once again，可下载高质量矢量图!
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上调和下调基因的GO或者KEGG等等其它所有的类似 ，上面其实已经有了，这次来一个完整的图。
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然后下面还可以展示通路上的基因的热图：
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还有一个聚类的功能：
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WGCNA数据挖掘，说到这个白介素同学表示后悔了，昨天也提供一个在线的完成 WGCNA的网页神器，好这里大概就是第二个了。
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这个神器确实不是一般的毒！
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再来一个爆炸福利，分析代码免费送
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最后再提一下，这个工具还衔接起了****ARCHS4 整合公共****RNA-seq****数据库，方便大家使用。
白介素同学迄今见过的最好用的数据挖掘工具了，非常适合生物医学背景的研究人员（请得起专业生信工程师的当我没说）。 once again, 白介素同学墙裂推荐！
参考文献：
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2486-6
神器网址：
http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/
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