NetworkD3 绘制动态基因调控网络图

操作系统：win10
R版本：R-3.3.3

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前期准备

安装pandoc

下载链接：https://pan.baidu.com/s/1nvMA1Rz (感谢 @乔布斯的同学)

双击下载的程序包，进行安装。

命令提示符中输入 pandoc --version 检查安装是否成功

安装 networkD3 包

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

> biocLite("networkD3")

绘制基因调控网络图

力导向图可用于显示复杂的网络关系，这里我们用来绘制简单的基因调控网络图。

代码如下

> genelinks <- read.table("genelinks.txt", sep="\t", header=T)
> genenodes <- read.table("genenodes.txt", sep="\t", header=T)
    #读入两个数据文件，文件内容及格式见下面

> head(genelinks)
        source target value   col
    1      1      0     2   red
    2      2      0     2   red
    3      4      0     2   red
    4      3      3     2 green
    5      4      2     2 green
    6      5      1     2 green

> head(genenodes)
        name group
    1  Gene1  gene
    2  Gene2  gene
    3    TF1    TF
    4 miRNA1 miRNA
    5 miRNA2 miRNA
    6  Gene3  gene

> output <- forceNetwork(Links=genelinks, Nodes=genenodes, Source="source", Target="target", linkColour=genelinks$col, Value="value", NodeID="name", fontSize=20, Group="group", opacity=0.8, zoom=TRUE, arrows=TRUE, opacityNoHover=0.7, legend=TRUE, height=600, width=600)
    #绘图

> saveNetwork(output, "output.html", selfcontained=TRUE)
    #图像保存

结果展示（这里截取静态图，实际绘制结果为动态图）

output.jpg

参数详解

output <- forceNetwork(Links=genelinks, #读入基因之间的关系列表，基因以数字为编号，从0开始；value可用来设置基因间连线的宽度
                       Nodes=genenodes, #基因信息，以对应编号的大小排序
                       Source="source", #指定Links文件中的源节点
                       Target="target", #指定Links文件中的靶节点
                       linkColour=genelinks$col, #指定连线的颜色，默认为单一颜色，这里用红、绿色分别表示某一基因对靶基因的正、负调控关系
                       Value="value", #设定基因间连线的宽度
                       NodeID="name", #指定节点显示的标签
                       fontSize=20, #设定节点标签的字号，单位为像素
                       Group="group", #对节点进行分组，这里可根据基因的功能进行分组，配置不同颜色
                       opacity=0.8, #指定图像的不透明度
                       zoom=TRUE, #是否允许图像缩放
                       arrows=TRUE, #连线是否添加箭头，显示方向
                       opacityNoHover=0.7, #鼠标悬停前，节点标签的不透明度
                       legend=TRUE, #是否显示图例
                       height=600, #设置图像高度
                       width=600 #设置图像宽度
                       )

附
NetworkD3 包的完整说明 networkD3 package