宏基因组测序分析（十五）确定物种分类
2023-09-29 本文已影响0人
Bioinfor生信云
得到高质量分箱以后，可以使用 GTDB-tk 对物种基于进化关系进行分类学注释。
GTDB 物种分类数据库
GTDB (Genome Taxonomy DataBase)数据库: GTDB - Genome Taxonomy Database (ecogenomic.org)
使用GTDB-tk 进行物种分类鉴定
参考脚本
需要提前准备好GTDB数据库
## 运行gtdbtk
gtdbtk classify_wf
--genome_dir ./bin \ # 需要进行分类学注释的bin存放目录
--out_dir out_gtdbtk \ # 输出结果目录
--cpus 8 \ # 线程
--extension fa \ # 基因组序列文件后缀
--tmpdir ./
- 输出结果：
gtdbtk.bac120.summary.tsv ：bin 物种分类信息
gtdbtk.bac120.classify.tree ：合并其他物种构建的 tree
