思路分享---单细胞亚群注释策略

作者，Evil Genius

随着粉丝的分析能力越来越高，大家的要求也越来越高了，很多我做项目压箱底的东西都拿出来了。

不过也要感谢大家的支持，不然自己早就挂了。

今天我们分享单细胞数据的亚群分析注释策略，我们先来看看文献中的内容。

首先是第一篇

第一篇的细胞亚群注释策略。

接下来看第二篇

第二篇的亚群注释策略

第三篇

第三篇的亚群注释策略

第四篇

细胞亚群的注释策略

第五篇

第五篇的亚群注释策略

第六篇

第七篇

细胞亚群的注释策略

第八篇

细胞亚群的注释策略

第九篇

第十篇

看了这么多，大家应该看出来亚群注释的策略了吧，其实就是 细胞类型 + 亚群典型标志基因的方式。

当然了，表征细胞状态的还有NMF的方法，这个之前都分享过了，不再赘述了。

问题的核心变成了如何找到亚群的典型标记基因。

这里提一个思路，能极大的压缩这个标记基因的范围，一般排名前五个的基因作为备选即可。

方法非常简单

sc.tl.rank_genes_groups(adata, "leiden", method="t-test")
sc.pl.rank_genes_groups(adata, n_genes=25, sharey=False)

大家在亚群分析中好好运用即可。

生活很好，有你更好