xshell-2 查看linuxz中是否有安装某个软件并用pro
2021-12-08 本文已影响0人
RashidinAbdu
- 所用的是ubuntu16系统的服务器。
1. 先查看某个软件有没有安装：
参考：
https://www.unixmen.com/linux-basics-check-package-installed-not-ubuntu/
1）先查看已经安装的所有软件列表
dpkg --get-selections
image.png
2）也可以查某个指定软件有没有安装过：
比如查询Firefox有没有安装过：
dpkg -s firefox
会看到：installed，即安装过！
image.png
3）同样查看一下prokka有没有安装过：直接输入prokka就可以看到
prokka
image.png
即：此前安装过!
2. 进行单菌基因组的注释：
1)首先在wincp下在自建的一个文件夹下放入单菌拼接基因组：
image.png
2）复制路径：
image.png
所以读取路径可以指定了！输出路径指定，但是"不用创建"具体输出文件!
注意 ：其中，40这个文件不要创建！不然会报错！
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报错代码为：
prokka /media/dell/data3/RXD/Prokka/B1669N-40.genome.fasta --outdir /media/dell/data3/RXD/Annotation/ --prefix goldbacteria --kingdom Bacteria
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输出报错信息为：
image.png
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正确代码为：
prokka /media/dell/data3/RXD/Prokka/B1669N-40.genome.fasta --outdir /media/dell/data3/RXD/Annotation/40 --prefix goldbacteria --kingdom Bacteria
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注意：运行结束后，到40这个文件的上级目录进行refresh，才会看到注释结果！
image.png
然后具体文件内容如下：
image.png
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如果想看prokka帮助文件，则只需要输入：
prokka -h
即可看到：
image.png
