生信log21|基因组成圈了吗？-拼接路径可视化软件Bandag
2021-12-06 本文已影响0人
小周的万用胶囊
在实验室经常听到师兄师姐评估基因组提到一个点就是，基因组能拼成圈吗，当时还是生信小白（现在是个资深小白）的我仅仅见识过circos的华丽图片，以为他们口中所说的成圈是circos的图，满脸疑惑能成圈啊，为什么不能，但前辈们口中说的实际上并不是circos，而是bandage的可视化图。
0、几个疑问
- 为什么要可视化
- 能从可视化中得到什么信息
- 结果怎么解读，从反馈的信息中怎么调整拼接？
1、可视化的目的
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把拼接结果可视化，让基因组拼接过程不再成为一个黑盒子操作的过程，从而提升拼接的效率，减少因拼接而带来的信息丢失问题。根据论文作者的原话就是，bandage能展现contig之间的关联和关系。
image.png
2、实操部分
以拼接软件SPades的的拼接结果为例
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所需要的文件: SPAdes拼接后会产生一个叫assembly_path.fastg的文件
assembly_graph
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打开bandage的界面，点击load graph，这个软件对文件的类型敏感，必须是软件支持的类型才能打开
Bandage支持可视化的所有文件类型
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选择Entire graph和single，点击Draw graph
画图
PS：其他文件类型随便玩玩，不过能显示contig之间关系的只能是assembly_path.fastg这个文件
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软件的安装
界面版本
http://rrwick.github.io/Bandage/
3、可视化结果得到的信息（kmer设置是否合理）
- 在官方的文档中，最重要的一个评估是
Effect of kmer size，从bandage的拼接结果中可以看出Kmer的长度设置是否合理，从而调整Kmer的长度，增大或减小。
kmer适合的拼接结果
Kmer长度过长
- kmer长度设置过长会导致很多片段组装不到基因组上，变相损失不少
Kmer长度过长，下面的点其实都是小片段
Kmer长度过短
- 该事例由官方提供
kmer过短，上面的基因组路径一捆乱麻
存在质粒序列
总结（kmer的角度）
- bandage评估的维度主要有两个：基因组结的多少（复杂程度），碎片片段
- 碎片太多，说明kmer太长或者太短；
- 基因组的拼接过程太多的node，过于复杂说明kmer过短；
- 长度合适的kmer得到的拼接结果应该是node的节点比较少，但能使基因组成圈，小于1000bp的基因组碎片也少。
另附一些神奇的小功能
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点击node按下Ctrl + V可以复制当前的整一条node中的序列
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blast功能，可以先建立16S rRNA基因库，让基因组与16S相比对
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此篇未来还会不断地补充和更新，有需要的看官们随手关注点个赞呗，爱你们～
