因为后面的数据对不上，所以从头检查一遍

1、在合并的时候，表达矩阵怎么会有这一列？

input文件夹里面，不知道怎么就加了一个mager的文档在里面
这列是干嘛的？怎么来的？

image.png

2、----在差异化分析的时候，

数据出错了，基因比对不上。，
但是不知道为什么会出错的，还是按照那个流程？
从新跑一遍，那就没问题的了。？？

----在差异化分析的时候，
数据出错了，基因比对不上。，
但是不知道为什么会出错的，
检测FOS基因的话，log2FoldChange= 0.04420872 ，是匹配不上的。

从新读入数据，从新做一遍的话：
再次检测FOS基因的话，log2FoldChange = -4.648181，这个就对的上了。

再做热图：
代码如下

logFC_t = 2
DEG_symbolid$change=ifelse(DEG_symbolid$pvalue>0.05,'stable',
                           ifelse( DEG_symbolid$log2FoldChange > logFC_t,'UP',
                                   ifelse( DEG_symbolid$log2FoldChange < -logFC_t,'DOWN','stable') ))
df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]
dim(df)
DEGs <- DEG_symbolid

library(ggplot2)
library(ggrepel)
ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+
  geom_point(aes(color=change),size=2.5,alpha=1,na.rm = T)+
  geom_hline(yintercept =-log10(0.05),color="#990000",
             linetype="dashed")+
  geom_vline(xintercept = -2,color="#990000",linetype="dashed")+
  geom_vline(xintercept = 2,color="#990000",linetype="dashed")+
  theme_bw(base_size = 14)+
  scale_color_manual(values=c("red","#00B2FF","orange"))+
  xlab(expression(log[2]("FoldChange")))+
  ylab(expression(-log[10]("padj")))+
  theme(legend.title = element_blank())+
  ggtitle(label = "Volcano Plot",
          subtitle = "Colored by fold-change direction")+
   geom_label_repel(data=df,aes(x=log2FoldChange,
                               y=-log10(padj),
                               label=SYMBOL,fill=change),
                   color="white",size=5)+
  scale_fill_manual(values=c("red","orange"))+
  guides(fill=F)

input: 标点的基因比对得上了。

image.png