问题

  最近在做单细胞转录组亚群细分的时候，遇到了一个很意外的问题，那就是我之前做的结果，没有保存RDS文件，之前是分的6个亚群，结果现在发现有7个亚群，这下完全懵逼了，怎么能这样，如果结果不能重复，那如何跟客户交代？

第二次亚群细分结果
第一次亚群细分的结果

  关键是用的同一个数据（从上图可以看出输入的数据都8400个细胞），同一个R，同样参数，所有的脚本都一样，这怎么可能不一样？

···

rds为seurat的对象，下面是输入的亚群，

subset(subset(rds,idents=c(1,2,3,4,5), subset = percent.mt < 10))
···

发现问题

  介于平时做单细胞分析比较多，如果出现这样的情况不弄清楚，这样的话就很麻烦，因此我查找二者分析过程中究竟有哪些不同，结果发现在下面的不同：

第二次找anchors结果
第一次找anchors结果
  从上那图结果可以发现，两次分析找到的anchors数目不一样，这个可能是造成后面分群结果不一样的关键因素，不过有意思的是，如果使用同一计算节点的话，每次跑出来的结果是完全一样，因此为了保证结果完全的一致，最好是保存rds文件，或者尽量使用同一计算节点来进行分析。

后记

  虽然发现了问题，但对算法了解不够深，没有找到解决问题的办法，因此后面有时间了在仔细看看算法，是否有不同计算节点的硬件问题造成的，这里就是记录一下这个问题，以后再去找问题。

2020年10月23日