TBtools | LayoutHeatmap,热图-解锁绘制新
2020-05-19 本文已影响0人
生信石头
写在前面
Emmm... 这段时间仍然在整理毕业论文的数据。这套数据,维度还是麻烦。表达量数据在做可视化时,总是觉得不够直观。为此,这三四天在外面忙事情的空闲时,我想到了一个不错的实现。
昨天发了一个推送,骗了大家一堆赞赏,合计了下,好像有300多,啊,十年后是否会捐更多?回到主题。
常规热图展示的局限
首先放出一张图
可以看到,这张图:
- 很宽(当然继续增加基因数据,也会很长)
- 涉及到不同性别状态(三种)
- 涉及到不同发育阶段(数个)
- 部分阶段只有一个组织,另外的阶段存在两个组织(事实上,还有 生物学重复未展示)
整体上,这样绘制出来的热图确实是可以体现一些信息,但是非常不直观,而且不能很好的显示出样品之间的区别与联系。
LayoutHeatMap 的优势
首先还是放上一张图,
在这个热图中,我们可以非常直观地观测,不同性别类型内部基因的表达变化,样本间的关系,也可能很好的对比到不同组织相同时期的表达差异。换句话是,LayoutHeatMap让你获得更好的数据解读体验。
LayoutHeatMap 这个热图工具的名字是我起的,这样绘制热图的方式可能是存在的,不过这类热图的绘制工具应是不存在的。
LayoutHeatMap 的使用
LayoutHeatMap相比于普通的Heatmap,就是增加了Layout,用户自己定义一个样品布局即可。
比如,全部放在一行(Note: 名字相同的会被合并居中)
其实,如果你乐意,你可以做成自己的Logo
写在最后
可视化是为了更好的解决数据,而不是为了炫技。只是有时候两者会被结合在一起。