🤔 drawCell | 不会画细胞结构图就用这个R包吧~ Su

2023-01-12 本文已影响0人生信漫卷

写在前面

我们在paper中经常需要画到细胞结构图，新手ppt一点一点画，高手可能会用AI手搓，土豪直接使用BioRender。🤒

今天给大家大家分享一个代码画细胞结构图的R包，如果你觉得自己不会写代码，不想看了，那你就错过了哦。😜

这个R包还开发了shiny，实现交互，鼠标点点就可以完成。🤩

真希望有一天开发出个AI，人们描绘一下要画什么样的图，就有了，而且还特别有创意，解放我等科研狗的双手。🤣

用到的包

rm(list = ls())
# devtools::install_github("svalvaro/drawCell")
library(drawCell)
library(tidyverse)

Shiny交互式绘图

3.1 开启Shiny

现在做Shinyapp的越来越多了，方便大家的使用。😙
这里也是一样的，大家运行下面这段代码，开启Shiny。🤠

drawCell::drawCellShiny()

3.2 选择细胞类型

这里我们做几个示范吧，都很简单。🐶

大家可以选择自己需要的细胞类型，还是挺多的，这个包是基于SwissBioPics API开发的，所以图片都是来自SwissBioPics：👇
https://www.swissbiopics.org/

3.3 标记细胞核

我们试着点一下细胞核，这样就标记上了。🤪

3.4 换个颜色

接着我们试试换一下颜色，这里貌似不能直接输入色号，是个问题。🤨

3.5 标记线粒体

最后再标记一下线粒体，然后就download你的图片吧。😘

代码实现绘图

4.1 示例一

我们试着标记人类细胞的内质网，线粒体和高尔基体吧。🤩
颜色的话大家可以去各种取色网站获取，挑选你自己的心头好。😉

drawCell(organism_identifier = '9606', 
         list_sl_colors = list("SL0173" = "#00337C", "SL0101" = "#03C988","SL0135" = "#FEC868"))

4.2 示例二

画个肌细胞吧，我们标记一下肌纤维，线粒体和细胞桥粒。😜

drawCell(organism_identifier = '6072', 
         list_sl_colors = list("SL0312" = "#579BB1", "SL0173" = "#58287F", "SL0092" = "#FBC252"))

4.3 示例三

最后再画个神经元，我们标记一下髓鞘，细胞核和高尔基体。😜

drawCell(organism_identifier = '6072',
         list_sl_colors = list("SL0176" = "#C0DEFF", "SL0191" = "#2B3467", "SL0135" = "#FAAB78"))

补充一下

5.1 物种ID

大家在寻找你需要的物种时，可能不知道对应的代号是什么，其实这个是基于taxonomy id，大家可以在下面这里查到：👇

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/

5.2 亚细胞结构ID

对于需要标记的亚细胞结构，如细胞核，线粒体等，对应的SL codes可以在这里Uniprot和uniprotkb_sl2go找到：👇

1️⃣ https://www.uniprot.org/help?query=subcell

2️⃣ http://current.geneontology.org/ontology/external2go/uniprotkb_sl2go

<center>最后祝大家早日不卷!~</center>

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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