bioinfo100-第7题-读懂FastQC报告 Part I

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Hello 大家好！

今天我们接着昨天的话题来继续进行与FastQC结果有关的提问。

我们昨天主要是针对FastQC结果中的boxplot进行了相关的探索，boxplot一般是认为FastQC几张必看的质控图之一。一般情况下FastQC的结果会包含下面几个图，而我们主要会看下图圈出来的几个。

image.png

接下来的几天我们就把这些图来一个一个讨论清楚。

我们昨天讨论了“Per base sequence quality”，今天先来讨论 “Per base sequence content”

image1 image2

问题：

1. 图1与图2中横坐标是什么意思？纵坐标是什么意思？

横轴代表1到150bp；纵轴代表ATCG在该bp的百分比。

2. 图1是1个正常的DNA 全基因组测序结果，为什么前面的几bp线是波动的？后面的线是平衡的？

根据Wason-Crick配对原则，A和T应该相等，G和C应该相等

但是一般测序的时候，刚开始测序仪状态不稳定，很可能出现不平衡的情况

像这种情况

如果测序的得分很高，可以不进行trim起始部分的序列信息

如果测序得分很低，需要进行trim起始部分的序列信息

3. 在图1中你能不能看出一个恒定的量？（提示，同一物种间相同，不同物种间一般不同）如果能看出来，这个量是什么？数值大约是多少？

GC含量在同一物种中是一个恒定值。

图1中GC总体比例大约在42%（目测）