检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fas
这个软件的github主页
https://github.com/tseemann/snippy
我是在简书看到有人分享，简书介绍的链接是 https://www.jianshu.com/p/268689bf3373
在github主页没有看到软件对应的论文。
github主页对软件的介绍
image.png
通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是
- 1 测序数据与参考基因组比对获得sam、bam格式数据
- 2 samtools、GATK、freebayes等软件利用bam格式文件获得vcf格式文件
- 3 snpeff对vcf格式文件进行注释
- 4 vcf格式文件转换成fasta格式使用IQree、mega等软件构建系统发育树。
snippy这个软件好像是把上述过程全都整合到了一起，你只需要输入fastq格式的测序数据和参考基因组，就能够拿到所有的结果，这样就方便了很多
软件主页写了变异检测是有freebayes完成，比对用到的是bwa这个软件，注释用到的是 snpeff这个软件，这点是比较方便的，省去了我们自己操作snpeff软件的过程，这个软件构建自己物种的注释文件还稍微有些麻烦呢！
自己一直有一个困惑是snpeff这个软件对snp的注释结果到底该怎么看？大家有相关的教程吗？
这个软件还有一个用处是：可以计算两条fasta序列之间的snp和indel位点。这一点做叶绿体基因组的研究就非常方便了，比如自己测了一个叶绿体基因组，和一个已经发表的近缘种来比较，直接用这个软件就方便很多。比如我这边试着做了一下，用到的数据是来自于论文
Comparative chloroplast genomics between the invasive weed Mikania
micrantha and its indigenous congener Mikania cordata: Structure variation,
identification of highly divergent regions, divergence time estimation, and
phylogenetic analysis （本地存储文件名是 1-s2.0-S1055790317307212-main）
两条叶绿体基因组序列序列号
- KX980032.fna
- KX154571
首先是软件的安装
直接使用conda来安装，因为依赖软件过多，下载过程时间会很长，如果网路不好可能会安装失败，我自己试了好多次
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults snippy
安装好使用就比较简单了，需要准备的数据是
- 参考基因组 genbank格式
- 自己的序列fasta格式
使用命令
snippy --outdir mut1 --ref sequence.gb --cts KX980032.fna
输出的结果文件
image.png
这里snps.csv文件里有用信息比较多
image.png
包括变异类型，如果snp在编码区，还会给出基因的名字，位置和对应的氨基酸变化
这里遇到一个问题是：如果有多条序列一起检测变异应该如何做。我试了一下两条序列放到一起，最终的vcf格式文件中也只有一个样本
image.png
软件主页提到了有一个snippy-multi命令，我试了一下一直遇到报错
image.png
暂时还不知道是什么原因
这款软件的使用就先介绍到这里了，后面如果还会用到的话再来研究。
有偿征稿
关于使用snpeff软件对vcf格式的变异文件进行注释后的结果解读
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