生物信息学

ggplot2基础画图-小提琴图

2020-04-29  本文已影响0人  bioYIYI

小提琴图由于其外形看起来酷似小提琴而得名,可以很直观的展示数据的分布,今天分享一下用ggplot2绘制小提琴的方法,代码很简单,但省去了你自己调图的时间~

示例

image.png

代码

#读入文件
dat<-read.table("data",header=TRUE,sep='\t')
#预处理
Class<-dat$Item
VAF<-dat$VAF
#画图
ggplot(dat,aes(x=Class,y=VAF,fill=Class))+geom_violin(alpha=0.8,width=1)+ guides(fill=F)+xlab(' ')+ylab('VAF')
ggsave('Cviolin.png',dpi = 1080)

其中输入文件格式:


image.png

添加boxplot

ggplot(dat,aes(x=Class,y=VAF,fill=Class))+geom_violin(position = position_dodge(width = 1), scale = 'width',alpha=0.8,width=1) + geom_boxplot(position = position_dodge(width = 1), outlier.colour="red", outlier.shape=8,outlier.size = 0.7, width = 0.2, show.legend = FALSE,fill="lightgray")+ guides(fill=F)+xlab(' ')+ylab('VAF')

注:如果有多组,在“Item”列给组名就行
如果你得到了帮助,不要吝啬留下你的赞哦~

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