2020-02-25《病毒来袭》读书笔记
契机：此次新冠疫情
目的：1、了解专业人员对于病毒的见解；2、了解并掌握病毒相关的心智模型，进而更加专业的了解此次疫情；3、做更好疫情防护和未来的个人卫生习惯培养；4、释疑我对疫情的沙盘推演假设判断。
时间：1月25-2月25日（一个月）
感悟：疫情比战争更加可怕，重新认识生物多样性，认识人类的渺小，人只是自然界的一个极小的组成部分，从自然中找到解决办法，平衡与社会的关系，平衡与自然关系。
要点摘要：
当科学家发现一种新病毒时，他们经常会迅速识别病毒的储主（reservoir）——供养病毒的动物。储主这一概念很有用，但也有缺陷。
基本再生数R0 对任何流行病来说，R0是每一例新病例所造成继发感染数量的平均值（在无事先免疫和防控举措的情况下）。如果每个新病例平均引发一人以上的继发感染，那么该流行病就有可能扩散。如果每个新病例平均导致不到一人的继发感染，疫情就将逐渐消失。R0帮助流行病学家准确判断流行病是可能呈“病毒式扩散”还是逐渐消失，它基本上成为流行病的可扩展性的衡量指标。
如果R0<1，微生物的扩散态势将会逐渐消退。因为微生物一般不能从一个宿主走向或者飞向另一个宿主，它们经常有预谋地变换宿主，帮助自身扩散。从病毒的角度来看，人类的某种临床症状可以成为它们传播的一个重要途径。微生物经常让我们咳嗽或者打喷嚏，借此经由我们的呼吸向外传播；让我们腹泻，借此通过地方水源传播开来；让我们皮肤上生疮，经由人与人的皮肤接触而传播。以上例子清楚地告诉我们，为什么一个微生物会引发这些不良症状。
靠的是用多种“计谋”来使微小基因组的影响力最大化，其中最高超的“计谋”之一是重叠读框现象（overlappingreading frames）。（病毒以极小的算法程序达到最大化的生存存在）
另一些科学家给出了更为颠覆性的假说：艾滋病毒全球性传播和大规模推广廉价注射器的时间恰好吻合，20世纪后期，通常的卫生运动每次都用同一个未经消毒的针头给成百上千甚至更多的人接种疫苗，这就为流行病爆发埋下了伏笔。
不同微生物有不同的潜伏期。潜伏期 潜伏期是指一个个体从接触微生物到被感染，或者将感染源传到其他人身上这段时间①。我们所知的微生物几乎没有少于一天的潜伏期，很多病毒的潜伏期在一周或者一周以上。疫情沙盘推演（所以假设都是最严假设）；
输血、移植和注射虽然是维持人类健康的一些最关键的技术手段，但也从根本上造成了流行病的传播和兴起。这些讨论不是阻止我们使用这些治病救人的技术，而是强调我们在使用这些技术时需要保持警觉。
不仅捕杀动物行为制造了严重的微生物风险，就连当代工业化家畜饲养，包括工厂化农场和现代肉制品生产，也极大地改变了人类世界里我们与动物接触的方式，令动物病毒渗入人类并成为流行病的概率增加。
在这个跳跃过程中，有一些人比其他人具有更高的被感染概率，这些人应该被称作哨兵人群，猎人就是其中典型的例子。
他是第一位利用地图从地理学角度分析相关事件，并由此得出因果结论的人。此举使斯诺被誉为地理信息系统（geographic imformation system，简称GIS）使用第一人。
在当代地理信息系统中，一层层的信息添加到了像斯诺所绘制的地图中，用于提供更有深度的地理信息，并提出因果关系的模式。虽然斯诺的地图包括街道、住家、疾病和水源的位置，但现在的地图会包括更多层面的信息：有在不同地点采集的霍乱样本的基因信息，有结合天气信息和空间变化的时间维度，也可能有来自不同家庭的个人之间的社会联系
正在兴起的流行病预防学（science of pandemic prevention）主要有三个目标：1.早点识别地方性流行病（epidemics）。2.评估地方性流行病演变成全球性流行病（pandemics）的概率。3.在致命的地方性流行病演变成全球性流行病之前遏制它们。
现代信息和传播技术为我们提供了另一套研究工具，用于从事与上面所讨论的生物技术进步有所区别又互为补充的研究工作。事实上，当你阅读这句话时，一些这样的技术工具正躺在你的口袋里。
几个简单的技术应用就让埃维的医疗情况不仅被中心医院所掌握，也能被任何一个拥有合适接入口的人通过网页界面远程了解。先进的技术让地方临床医生和病人自己可以与外界进行交流，外界因此可以累积、组织和分析信息
发展到最后的反应系统，能够识别出标志一种流行病开始的异常的健康问题集群。
就在我写这句话的时候，世界上超过60%的人口已经被安装了自动定位信标。这些信标持续提供他们所在准确位置的最新信息。在未来5~10年内，地球上几乎每个人都将安装上自动定位信标。这不是政府阴谋，你口袋里的手机才是始作俑者
伊戈尔和其研究团队在卢旺达研究呼叫模式数据达3年之久，其中包括对2008年2月3日那关键一星期的数据研究。当天基伍湖地区发生了5.9级地震。通过设立呼叫频率的基准数据，伊戈尔和其团队能够发现地震之后那段时期呼叫模式异常的蛛丝马迹。他们能够通过呼叫数达到的一个峰值，来确定地震时间，也能够利用来自手机信号塔的定位数据确定震中即呼叫量最大的位置。
然而在日益发展的数字监控领域，手机并不是以技术为主的唯一解决方案。2009年我在谷歌的同仁们[插图]发表了一篇令人关注的论文，表明个人在线搜索模式也提供了人们所患传染病的信息。通过采用谷歌保存的海量搜索数据以及美国疾控中心搜集的美国流感监控数据，研究团队能够校准监测系统，确定病患和其护理者所使用的、表明疾病出现的搜索关键词。研究团队通过搜索与流感及其症状、治疗相关的单词，建立了一个预测流感趋势的系统，比美国疾控中心提供的流感统计准确率更高。而事实上，谷歌团队做得更好：谷歌搜索数据即刻就能获得，美国疾控中心流感监测数据却有滞后的问题，因为需要时间来报告和发布。先于传统监控系统提供准确的流感趋势预测，谷歌由此击败了美国疾控中心。
疫情聚合图（mash-up）：包含着层层关键信息的一幅地图——有人们所在的位置、他们的关注点、他们感染的微生物、他们流动的地方、他们联系的人。
公共卫生事业的目的不应该是灭杀所有病毒感染源，而应该是控制致命性病毒。
感染细胞是所有病毒生命周期的一个组成部分，它们不会随意感染细胞。正如我们已经讨论过的那样，病毒以一种锁匙相配的方式感染细胞：它们进入的那些细胞的细胞表面有病毒能够识别的特殊蛋白质，即细胞受体。如果一种病毒只识别和感染癌细胞，那么从理论上讲，该病毒就能够以这种方式入侵那些细胞，消灭癌症。当然，最好它们与癌细胞交战后不会感染其他细胞，并全部战死沙场。
塞内卡山谷病毒（Seneca Valley virus）是一种天然形成的病毒，它似乎明确锁定生长在神经和内分泌系统交汇处的肿瘤细胞，在肿瘤细胞内繁殖，引起细胞溶解或者破裂和死亡。当该病毒释放出来后，它扩散到新的肿瘤细胞里继续发挥效用。那是一种有益的病毒！
在一系列关键性研究中，杰夫·戈登（Jeff Gordon）和他的学生们发现，我们肠道中的微生物群落实际上非常重要。他们已经证明了肥胖与一组相对丰富的特殊细菌——拟杆菌的减少有关。在另一个出色的研究中，戈登和他的团队发现，诱发肥胖的微生物区增加了从食物中获得的能量总量。
公共卫生事业的目的，不应该是打造一个完全无菌的世界，而是找到坏家伙并控制它们。对付坏家伙的关键一招，将是培育帮助我们人类的微生物。有朝一日，我们保护自身的方式，也许是依仗与我们共生的微生物，而不是消灭它们。
首先，我总是务求接种最新的疫苗。当我在疟疾地区工作时，我十分认真地服用疟疾预防药物。我并非一直都这么做，但吃了苦头后我才知道这有多重要。
在冬季我会留意呼吸系统疾病的传播路径，尽力降低患病风险。因为有大量的人流，公共交通是风险极大的地方。因此我乘坐地铁和飞机后，尽量洗手或者使用简易的含酒精洗手液。同样，我在与人握过很多次手后都会尽量很快洗手，或者不到万不得已尽量不用手碰鼻子和嘴。尽自己所能确保进食洁净的食物和水无疑很重要，努力减少与不安全的性行为相关的风险也很重要。
微生物学家自己预防传染病的方法：1.接种最新的疫苗；2.乘坐地铁和飞机后要洗手；3.与人握手后尽快洗手；4.尽量不用手碰鼻子和嘴；5.尽可能保证饮食卫生；6.减少不安全性行为的风险。
风险素养是很重要的一个术语。其理念是：拥有能够了解并恰如其分地解释流行病信息的有见地的公众，是流行病防控的一个环节。风险素养 风险素养即区分不同程度风险的能力，这不只是对政策制定者的要求。对自然疾病的有效应对，需要依靠每个民众和他们保持镇静并听从指挥的程度。
媒体对生物性威胁狂轰滥炸的报道，导致民众的警觉性下降。打破这一僵局的唯一办法，是让每个人了解风险，能够评估不同类型疾病的差异，并采取相应的应对举措。
我们应该倡导一种“安全握手法”，相互碰触肘关节而不是手。当然，打喷嚏对着肘关节而不是手，同样有助于减少一些感染源的扩散。
预防流行病，人们可以在行为上有所改变：1.“安全握手”，相互碰触肘关节；2.打喷嚏时对着肘关节而不是手；3.只要生病就在公共场合戴医用口罩。
