虚拟环境——用于不同版本的软件python

有的软件指定 python2.7 版本环境，而高版本的python3.7不适用，这个时候就可以使用 bioconda 创建的虚拟环境，在虚拟环境中安装python2.7

（base）  #基础环境
conda env list  #查看虚拟环境

创建虚拟环境

mamba create -n (自己起名字) -y  #创建
conda activate (自己起名字)  #激活
conda deactivate  #退出

创建python2.7环境

conda create -n py27 -y pytho=2.7  #创建环境并配置python2.7
conda activate py27  #激活py27
python -V   #查看 python版本

依赖python2.7安装的软件：

manta
strelka
metaphlan2
humann2
lumpy-sv
graphlan
export2graphlan

使用虚拟环境安装的软件：nanoplot、medaka、artic network、pangolin、prokka

git clone 网址.git
有一个environment.yml文件，cd到目录下
mamba env create -f environment.yml  #不是很理解
mamba env create -n (name) -f environment.yml  #-f 后面接一个.yml文件

虚拟环境指令：

create/list/remove/update创建、列出、移除、升级