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精选| 2020年1月R新包推荐(第38期)

2020-02-26  本文已影响0人  黄小伟Yeah

译：黄小伟，资深数据从业者。目前就职杭州有赞数据分析团队，欢迎加入!

2020年1月份，147个R新包收录于CRAN(2019年12月份收录152个)，累计收录15,814个R包！由于CRAN会不定时进行R包增删，所以具体数量会随时间略有变化。此次整理了九个类别，分别为计算方法、基因组学、机器学习、数学、医学、统计学、时间序列、效率工具和可视化工具。以下是本期(总第38期)R新包的核心功能介绍：

01.计算方法

  1. FSSF: 提供了Shang＆Apley（2019）提出的三种方法在单元超立方体内部生成全序列的空间填充设计.

  2. seagull: 针对“套索”、“群套索”和“稀疏群套索”运算符，实现近端梯度下降解算器.

02.基因组学

  1. babette:提供对BEAST2贝叶斯系统的访问，该工具使用DNA/RNA/蛋白质数据和许多模型先验来创建联合估计的系统发育和参数的后验.
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  1. statgenGWAS: 按照Kang等人的方法提供快速的单性状基因组广泛关联研究（GWAS）.
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03.机器学习

  1. akc: 为知识的自动分类和可视化提供了一套有效的框架.
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  1. ced: 为Google Compact编码检测库提供R绑定，该库接受原始文本字节的源缓冲区作为输入.
  2. forestError: 提供函数来估计随机森林预测的条件误差分布和这些分布的公共参数，包括Lu&Hardin（2019）提出的条件均方预测误差、条件偏差和条件分位数.4. ksharp: 支持通过调整现有群集以在组之间创建对比度来锐化群集.
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  1. mosmafs: 如Binder等人所述（2019年），提供通过单目标和多目标优化同时进行超参数调整和特征选择的功能.
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6. themis: 提供处理不平衡数据集的方法，包括通过使用SMOTE、Borderline SMOTE和ADASYN增加少数情况的数量来进行平衡，或者通过使用NearMiss或Tomek link remove减少多数情况的数量来进行平衡.

04.数学

  1. caracas: 通过提供对Python SymPy库的访问来实现计算机代数，从而使以符号方式解方程、寻找符号积分、符号和和其他重要量成为可能.2. clifford: 为Clifford代数提供了一套例程，特殊情况包括Lorentz变换、四元数乘法和Grassman代数.

05.医学

  1. metan: 提供使用参数和非参数方法对多环境试验数据进行稳定性分析的功能，包括加性主效应和乘法相互作用分析、基因型加基因型环境双基因分析、联合回归分析.
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  1. nosoi: 实现了一个灵活的基于agent的随机传输链流行病模拟器.
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3. shinySIR: 为传染病传播的数学模型提供交互式绘图，用户可以从各种常见的内置常微分方程模型中进行选择，也可以创建自己的模型.

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  1. transplantr: 提供一组矢量化函数来计算移植中使用的医学方程，主要用于腹部器官移植.

06.统计学

  1. bggum: 针对广义分级展开模型，提供Metropolis耦合MMC采样器、后处理、参数估计函数和绘图工具.
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  1. cSEM: 提供使用基于复合的方法和程序估计、评估、测试和研究线性、非线性、层次和多组结构方程模型的功能，包括估计技术，如偏最小二乘路径建模（PLS-PM）及其导数（PLSc、ordPLSc、robustPLSc）、广义结构成分分析（GSCA）等.3. mcp: 实现具有多个变化点的回归，这些变化点可以是均值、方差、自相关结构以及这些结构的任意组合.
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  1. metopolis: 提供学习Metropolis算法工作原理的函数.
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  1. miceRanger: 使用带随机森林的链式方程实现多重插补.
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  1. momentfit: 提供执行矩拟合方法的函数，包括广义矩法（Hansen（1982）和广义经验似然法（Smith（1997）.
    7. nlraa: 使用自启动算法实现非线性回归函数，包括Yin等人提出的Beta增长函数（2003年）.
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  1. PoissonBinomial: 实现多种精确和近似方法，用于计算概率质量、累积分布和分位数函数、以及生成Hong（2013）和Biscari等人所述的泊松二项分布的随机数（2018年）.
  2. relgam: 为罗伯茨等人（2000）的广义渐变展开模型，提供马尔可夫链蒙特卡洛采样器、后处理、参数估计和绘图程序.10. s2net: 实现了广义半监督弹性网，使半监督环境下的特征选择更加有效.11. signnet: 实施符号网络分析方法，包括Cartwright&Harary（1956）、Doreian（2008）的块建模算法、Schoch（2020）引入的各种中心度指数和预测的结构平衡措施.
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  1. survParamSim: 提供使用survival包中survreg函数生成的参数生存模型进行生存模拟的功能.
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  1. xnet: 提供函数来拟合两步核岭回归模型，并执行交叉验证.
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07.时间序列

  1. pcts: 提供用于建模和模拟周期相关、周期集成时间序列的类和方法.2. fdaACF: 提供计算时间序列自相关函数的功能.
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08.效率工具

  1. dmdScheme: 提供开发特定领域元数据的框架.2. gridtext: 提供对使用网格图形渲染格式文本的支持.
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  1. netstat: 实现netstat命令行程序的接口，用于从传输控制协议（TCP）端口检索和解析网络统计信息.
  2. progressr : 为脚本和包提供一个最小的、统一的API，用于报告进度更新，包括在使用并行处理的场景.5. PROJ: 实现通用坐标转换软件的封装，包括将地理空间坐标从一个坐标参照系转换到另一个坐标参照系的PROJ、地图投影和大地坐标转换等.6. round: 提供函数来探索不同版本的round()函数之间的差异，以及一些部分相关的不在base R中的C99数学库函数.7. warp: 支持按各种时段对日期进行分组，这些时段包括：每年、每月、每秒、每月的每周等等.

09.可视化工具

  1. apyramid: 提供一种快速的方法，用于可视化按年龄和一个或两个类别变量（例如性别和健康状况）分层的非汇总行列表或汇总人口普查数据，这些变量可以为任意数值.
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  1. mlr3viz: 提供mlr3对象的可视化，包括条形图、箱形图、直方图、ROC曲线和Precision-Recall曲线.
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说明：限于个人水平，错误之处难免，烦请批评指正，共同交流~

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