samtools整合sam转bam/sort和index命令

使用bwa，hisat2等比对软件，常会得到sam文件，此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令

vim sam2bam.sh
#按一下i进入编辑模式，写入以下内容

!/bin/bash
for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2   #sam文件的名字
do
samtools view -@30 -bS ${i}.sam | samtools sort -@30 -o ${i}.sort.bam $  #转化并排序
done

samtools view -@30 -bS Y51015cold-3.sam | samtools sort -@30 -o Y51015cold-3.sort.bam #最后一个文件单独运行，不要加$

for i in Y51015cold-1 Y51015cold-2 Y51015cold-3  #sam文件的名字
do
samtools index -@ 30 ${i}.sort.bam $
done

# 按:wq退出
## bash sam2bam.sh 运行脚本
### 所以要分两次循环，是因为要全部sort后才能开始index