最近学习GSEA，在学习过程中搜索园子里关于GSEA的帖子，似乎不多，也不太全，特来发帖，以助后来小伙伴少走弯路~

1. 进入官网下载GSEA，很多人下载桌面板，但是我觉得java更小更方便啦，看个人喜好喽。
   

http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp

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2. 下载java 8.,某度上有很多经验，[https://jingyan.baidu.com/article/456c463b53794d0a5831442b.html](https://jingyan.baidu.com/article/456c463b53794d0a5831442b.html)
   

下载完成后，在dose里运行java –version,显示如下，即安装好。

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3.     把下载的GSEA拖到自己的文件中，我放在G盘了，运行java -jar gsea-3.0.jar，界面就出来啦。
   

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正式开始做GSEA喽~

4. 准备文件。
   

一定要看清我文件后缀！！！一定要看清我文件后缀！！！一定要看清我文件后缀！！！重要的事情说三遍！！！

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a. 第一个文件在官网网站下载，也可不下。

b. 第二个文件是差异分析的基因，格式如下。

1.2照写

19668是分析的差异基因总数，611是样本总数

Description是对gene的描述，因为有的童鞋拿回来的gene是探针名，这时候就可以在第二列写你的gene symbol，我因为去掉了探针名，所以就写的NA喽，GSEA格式就是这么要求的，不要问为什么~

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c. 第三个文件格式如下：

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611是样本数，2是分组，1是啥我也不知道，嘿嘿。

第2行是组名，我做的肿瘤就分为normal和tumor,可以自行更换。

第三行是样本名，每一个样本在什么组，有多少就写多少，我写了611个。

5. 进入GSEA。
   

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将文件全部导入，有错误这一步就会报错，根据提示修改即可。

6. 点击Run GSEA.
   

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第一个选项是基因表达矩阵文件。

第二个就是官网下载的文件，这里看个人喜好，可以做KEGG,GO什么的，也可以在这里下载其他的功能注释数据库。

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第三个就是自己选了，normal可在前在后。

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7. 探针转换基因名，我自带名称，选择的否。
   

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如果选择True,下面的platform就要选一个注释的数据库，一般好像选第一个好像，我没试过，小伙伴们可以多尝试几个数据库。

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8. 点击
   

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等结果。

9. 结果所在的目录。
   

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万事大吉。