Xenium课程分析前奏
2024-08-07 本文已影响0人
单细胞空间交响乐
作者，Evil Genius
现在的文章真的是，组学越来越多，分享要求越来越高。
就以现在的认知都知道马上需要干什么，明年如果还打算办一次培训班，现在内容都想好了，外显子课程来6节，外显子结合单细胞空间来4节，HD分析来10节课，Xenium等原位平台来10节，😄，内容就够了，当然了，如果打算开培训班的话。
关于Xenium的分析，Seurat出了专门的教程，Analysis, visualization, and integration of Visium HD spatial datasets with Seurat • Seurat (satijalab.org),包括MERSCOPE、Xenium、Nanostring CosMx、CODEX，当然分析都停留在基础阶段。
python版本的Xenium分析更受公司的青睐，通常是采用squidpy来分析，分析比Seurat更加的个性化
分析囊括了各种空间平台
在原有基础分析的基础上，添加了距离分析、细胞分割、邻域富集分析等个性化内容。
对于公司来讲，原位的这种分析目前还是不够的，还需要更多的内容。这一次依据文献Cellular architecture of evolving neuroinflammatory lesions and multiple sclerosis pathology(cell)，为原位分析加点料。
基础分析部分不必说，降维、聚类、细胞识别、空间展示。但是距离分析是个性化分析点。
接下来分子邻域与细胞邻域，无论哪个空间平台，这个分析内容都是重点
细胞niche与“社区”分析，个性化分析点
空间基因动态，分析逐渐开始细化，具体到特异性的细胞类型或者基因。
多条件比较细胞的空间排布变化，真是更为复杂且精细化的分析
最后，回归本源，关键性的分子或者细胞分布，以及邻域状态
