此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。
GWAS的实战视频
https://www.bilibili.com/video/BV1f44y1t7Jk?from=search&seid=12908459299918140554&spm_id_from=333.337.0.0

LD

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流程：

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怎么安装软件：

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VCF格式1：不需要填充：

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VCF格式2（原始）：需要处理：

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首先基因型填充
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填充后（PLNIK）：

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admixture: k = 1-13

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根据VC，选取使用P文件

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TASSEL：亲缘关系：

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hapmap格式文件：

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以下都为：TASSEL
VCF转为hapmap:

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GLM使用时，要去除群体结构文件中的最后一列，需要保证三列和小于1.表型文件并且admiture的文件，在表型最前面加如covriances。

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MLM加入亲缘关系：

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表型数据中为单个表型：两列

安装R包

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普通曼哈顿图：

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CMplot:

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RColorBrewer包调控颜色：

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筛选显著值：第二：峰中的其他位点是受最大的影响，所以进行clump清理，根据LD值处理。

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染色体注释
上下100kb进行注释。
准备基因位置文件：

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基因功能注释文件：

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输入文件：

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使用perl进行注释：
先基因定位：

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再对基因进行功能注释：

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有重复的需要删除。

对结果再行筛选
Camoco预测候选基因。安装软件

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构建数据库

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Camoco的文章：
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建立参考基因组：

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GFF文件格式：

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需要将csv格式，使用最后代码将数据分开。
根系文件：

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GO

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计算：

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test.txt

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再进行GO富集分析，网站直接进行。

区段关联分析

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PLINK（文件格式转换）和TASSEL（关联分析）进行（windows版本）。

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VCF（基因文件）改为ped,map

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首先确定基因的目标区段：annotation文件：

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从基因里查出内部及上下游50k的所得SNP

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导入基因型：

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关联分析：数据筛选

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数据整合：

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关联分析：

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LD 分析：

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根据TASSEL根据选出的SNP再次进行MLM分析，得到结果后，再次进行LD分析，

将基因型和关联分析结果导出。再使用R进行画图：
关联结果只需要marker，POS，P值，三列。
需要报： LDheatmap， genetics包，读数据：记得加as.is=T

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p值转为-log10（）

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候选基因还是很多(GWAS步骤)，可以构架一个WGCNA调控网络

基本概念：

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主要数据：

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基本流程：输入数据
基因表达矩阵：

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性状矩阵（必须为数值型数据）

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