genecards数据库介绍(一)

写在前面

在进行基因相关研究的时候，我们经常需要查询基因的相关功能，了解的基因的基本功能，才能知道说我们要往哪里进行下一步研究。对于基因功能的查询，我们介绍过ncbi的gene数据库。同样的之前的gene id转换的时候我们也提到过，关于基因信息的汇总除了gene数据库还有ensembl、uniprot等等很多数据库。各个数据库都提供了不同的基因信息。我们在查询的时候，总不能说把各个数据库都查询一遍吧。所以今天就给大家介绍一个汇总了多个数据库的基因信息查询网站: genecards(https://www.genecards.org/)

genecards是一个汇总了150个网络数据库的基因功能查询数据库。通过这个数据库我们可以查询到一个基因各个方面的基本功能。主要注意的是这个数据库只能查询人的基因信息哈。

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这类汇总性的数据库，最担心的是数据库的不更新，但是由于genecards所在的公司还有很多功能是付费的。算是一个营利性的机构。所以为了机构的名声，他们也会长时间更新的，目前已经到了4.14版本了。

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由于查询的信息比较多，所以我们分两期来进行讲解。

数据库使用

数据库的使用很简单，就是输入我们想要检索的基因即可。这里我们可以输入基因名、ensembl ID、uniprot ID都可以。例如我们这里输入MYC。

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检索完之后，我们就可以看这个基因相关的信息了。对于基因的信息，数据库分成了很多个部分。现在基本上分成基因基本信息以及基因实验相关的产品信息。我们这里主要的就来介绍数据库包括那些基本信息。

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基因信息汇总: Summaries

很多数据库对于基因的功能都会有简单的汇总介绍。通过这句话我们基本上能大概的了解这个基因的基本功能。在Summaries这个模块当中，genecards汇总了多个数据库对于这个基因功能的总结，我们通过这个就可以知道多个数据库对于这个基因是什么评价的了。

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基因结构及调控信息

按照中心法则，一个基因有三个不同的身份：分别是DNA、mRNA、蛋白。对于这三个身份都有信息。因此genecards也基于三个不同身份有了三个不同的模块: Genomics、Transcripts、Proteins

Genomics

在基因组这个模块当中，我们可以看到目标基因在基因组当中的位置及长度。

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另外，由于基因组对于基因表达的调控，主要是通过转录调控来实现的，所以数据库总结了很多转录调控的信息。我们在这里就可以查询到这个基因可能收到哪些转录因子的调控。

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Transcripts

对于基因的mRNA，由于可变剪切的存在，所以就导致会产生很多的剪切异构体。所以这个数据库汇总了多个数据库对于剪切异构体的ID，以及相对应的可能剪切方式。

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另外的话，我们在做相关的基础实验的话，需要对这个基因的mRNA进行处理。具体处理的话就需要用到公司的试剂。所以这里也 汇总了相关可能用到的试剂，例如CRISPR、miRNA等等。

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Proteins

对于基因蛋白的话，同样的也是汇总的蛋白的基本信息。另外关于蛋白的调控，也存在翻译后调控，所以genecards利用UniprotKB，neXtProt和GlyConnect三个数据库注释了相关的翻译后调控信息。另外还通过PhosphoSitePlus注释了其磷酸化位点。

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对于蛋白相关的功能研究的话，我们会用到相关的抗体，所以这里也总结了关于各个公司抗体的型号。

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