非10X单细胞测序数据创建Seurat对象CreateSeura
2020-07-03 本文已影响0人
摸爬滚打的生信菜鸟Cici
Seurat可以直接读取10X数据，网上也有很多紧跟潮流的相关教程，但是非10X的数据怎么读入呢？很简单~
首先读入txt文件，转成table；
生成matrix矩阵，再转成sparse matrix稀疏矩阵；
最后CreateSeuratObject即可。
library(Seurat)
library(Matrix)
TPM <- read.table("All_Embryo_TPM.txt", sep = "\t", header = TRUE)
TPM <- as.matrix(TPM)
TPM <- as(TPM, "sparseMatrix")
# CreateSeuratObject
data.object <- CreateSeuratObject(counts = TPM, project = "test", min.cells = 3, min.features = 200)
具体Seurat函数参数请移步官网：https://satijalab.org/seurat/
