【读文献】|联合挖掘lncRNA表达甲基化发表4分文章

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简介：2019年4月发表的来自国内中国人民解放军第五医疗中心综合医院等学者的研究成果，通过挖掘TCGA lncRNA的表达，甲基化, CNA, 最终筛选出一个重要的lncRNA。文章发表了4分多的杂志。希望给大家带来一些思考和启示，不要每次都是prognostic gene model。

摘要

肝细胞癌是最普遍和致命的癌症之一。研究肝细胞癌中长链非编码RNA（lncRNA）改变可能会带来新的治疗策略。作者研究了TCGA肝癌数据中差异表达的lncRNA与它们的DNA甲基化状态拷贝数变异之间是否存在相关性。通过这个筛选步骤获得了41个在肿瘤和正常样品之间差异表达的lncRNA，同时它们的DNA甲基化状态与表达水平呈负相关。进一步确定了五个lncRNAs在肿瘤样本中被反复扩增或删除，但它们均与信使RNA（mRNA）表达水平无关。进一步探索这些lncRNA的生物学功能，找出了在肝细胞癌中共表达的mRNA。总共10个lncRNA与至少一个基因高度相关。先前已经知道，10个lncRNA中有六个与癌症有关。 LINC01615具有72个共表达的基因，我们对这些蛋白质编码基因进行了基因本体（GO）语富集。结果表明这些lncRNA与细胞外基质的组织有关。总结：作者确定了41种潜在的与癌症相关的lncRNA。提出其中的LINC01615可能会影响细胞外基质，并进一步影响肝细胞癌的转移。

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