生信文章数据分析--介绍

这是一篇纯生信文章：在2020年投稿，4,5月份修改了两次，6月份就accepted，反馈速度挺快。文章技术路线清晰、干练，是一个非常棒的学习教材，下面就带小伙伴们熟悉下先：

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技术路线

这是文章分析技术路径，结合TCGA和GEO数据：

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方法与数据：文章以TCGA为核心，从中获取TCGA-STAD项目下胃癌患者RNAseq数据，结合免疫浸润数据分组、差异表达分析、富集分析；结合富集分析结果，对350例患者进行GSVA分析，联合免疫浸润数据，分析与患者预后相关因素；对candidate genes 采用两组GEO数据进行验证。

结论：In conclusion, we obtained a list of tumour microenvironment-related genes that predict poor prognosis in GC patients.

主要分析内容

• 生存分析

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• 免疫浸润

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• 富集分析
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• GSEA分析

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• GSVA分析

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• GEO数据验证-生存分析

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• GEO数据验证-差异分析

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在接下来的一系列推文中，我将逐步重现该文章的分析过程与结果，同时你会学习到如下技能：TCGA数据检索、下载、差异表达分析、富集分析、GSVA分析、GSEA分析、生存分析、相关性分析、GEO数据下载与注释等。