50 - 基因组预测的基础(4) - ssGBLUP和H矩阵
2022-07-21 本文已影响0人
Hello育种
ssGBLUP经过10多年的发展,已经普遍开始应用在动物育种中。
以前的多步法
image.png基因组评估
image.png问题:
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表型的测量
image.pngimage.png
BLUP会低估基因组选择趋势
image.png一步法(ssGBLUP)
image.png展开的内容
image.png image.png基因型的点估计问题
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假设基因型被视为特征
image.png使用 BLUP预测个体的基因组(Gengler's method)
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例如:
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增强基因型
Gengler 等人。 (2007) 构思了一种代数方法来处理这些点估计。
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缺失数据在经典处理
image.pngfancy- 填充
image.png一步法是 将没有基因型动物作为缺失值处理
image.png推断基因型
image.png另一种不推断基因型,因为我们需要的是个体育种值
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所有动物的协方差
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两个创建ssGBLUP的想法
image.png第一种:
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联合分布
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转为所有个体的协方差
image.pngH的逆很容易求出:
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理解H矩阵
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H矩阵的例子
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更复杂的例子
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H矩阵的一些特点
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