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50 - 基因组预测的基础(4) - ssGBLUP和H矩阵

2022-07-21  本文已影响0人  Hello育种

ssGBLUP经过10多年的发展,已经普遍开始应用在动物育种中。

以前的多步法

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基因组评估

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问题:


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表型的测量

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BLUP会低估基因组选择趋势

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一步法(ssGBLUP)

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展开的内容

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基因型的点估计问题


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假设基因型被视为特征

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使用 BLUP预测个体的基因组(Gengler's method)


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例如:


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增强基因型

Gengler 等人。 (2007) 构思了一种代数方法来处理这些点估计。


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缺失数据在经典处理

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fancy- 填充

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一步法是 将没有基因型动物作为缺失值处理

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推断基因型

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另一种不推断基因型,因为我们需要的是个体育种值

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所有动物的协方差


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两个创建ssGBLUP的想法

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第一种:


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联合分布


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转为所有个体的协方差

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H的逆很容易求出:


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理解H矩阵

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H矩阵的例子

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更复杂的例子

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H矩阵的一些特点

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ssGBLUP的混合方程组

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目前ssGBLUP的拓展模型

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