单细胞在线课程分享

1. 导读

    本文主要分享[哈弗大学的单细胞数据分析课程](https://hbctraining.github.io/scRNA-seq_online/schedule/links-to-lessons.html "课程网址")，该课程提供了实验设计，表达矩阵生成，QC指标评估，细胞聚类分析等课程以供学习。

2. 学习目标

• 了解设计单细胞 RNA-seq 实验时的注意事项
• 讨论获取原始单细胞 RNA 测序数据和生成计数（基因表达）矩阵所涉及的步骤
• 在工作流程的每一步计算和评估 QC 指标
• 根据表达数据对细胞进行聚类并得出存在的不同细胞类型的身份
• 不同样品和条件下的整合

3. 课程安排

3.1. Part 1

1. scRNA-seq 简介
2. 表达矩阵生成

3.2. Part 2

1. 质量控制设置
2. 质量控制
3. 聚类工作流程概述
4. 归一化理论和 PCA
5. 标准化

3.3. Part 3

1. 整合
2. 聚类
3. 聚类质量控制
4. Marker 鉴定