生信分析R包安装整理

0. 需要手动安装的包：stringi，安装方法见此链接：服务器更新R版本/包安装

0-1 MobaXterm无法打开选择cran镜像报错：

[tcl] grab failed: window not viewable.

解决方法：

运行：chooseCRANmirror(graphics=FALSE) 即可在页面中选择镜像。

1. 需要在conda forge里完成安装的包：

首先，conda activate environmentname

安装命令：conda install -c conda-forge r-{packagename}

包名称包括：

hdf5r；rhdf5filters；arrow（AUCell的依赖包）xml2；ragg；httr；curl；Cairo；evalulate

terra，units，sf(for monocle3)

2. 需要在Bioconductor中完成安装的包（BiocManager::install({packagelist}))：

AUCell；GENIE3；RcisTarget（SCENIC的依赖包）；

clusterProfiler

monocle

ComplexHeatmap

MetaNeighbor

Biostrings

celldex(SingleR)

SingleR

batchelor(for monocle3)

3. 需要用install.packages完成安装的包：

ade4；vegan（ggcor依赖）

ggpubr

Seurat

SingleCellExperiment

jaccard

EnhancedVolcano

hash

msigdbr

c( "ggrastr", "grr", "pbmcapply", "pscl", "rsample", "RhpcBLASctl", "spdep", "speedglm", "terra")--for monocle3

4. GitHub上的包：如果服务器可以链接github，可以直接用devtools安装，链接不上可以先手动下载master文件夹，解压缩，再用以下方法安装：

install.packages({packagename},type="source",repos=NULL)

需要安装的包包括：SeuratDisk，ggalt，SCENIC；DoubletFinder；hdWGCNA；easyPubMed; monocle3

注意事项：

1) 安装的时候，先完成0和1中的步骤，R中的大多数包都可以自动完成依赖包的安装。如果安装失败再参考报错信息更正。

2) 在选择cran的时候，如果网络允许尽量选第一个的原始网站，有些包在镜像网站可能下不到。

docker-ubuntu下R包的安装：

1. igraph：安装时没有报错，load的时候报错，libglpk.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方法：

apt-get install glpk-utils libglpk-dev glpk-doc

2. sf：类似问题，报错：libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

apt-get install libudunits2-dev

apt-get install libproj-dev

apt-get install libproj-dev

apt-get install libgdal-dev