输入两个亲本基因组，输出变异位点，快速开发分子标记引物

写在前面

「育种」是目前大多关心的事情。杂交育种仍然是目前最为常用的育种手段。任何方法创新的优异材料，下一步都可能应用于杂交育种。反过来，「基因定位」则是基于杂交群体，开发分子标记，定位到关键性状的关联区间，并试图确定Casual Variants。两者都会涉及到两个亲本和他们的子代。当我们有两个亲本的基因组序列时，完全可以基于这两个序列，直接确定差异位点，进而相对有方向的设计引物，用于快速定位，更或者，鉴定杂种后代。相对于简单的单个物种基因组序列鉴定 SSR，随后设计引物。这一操作，显得更为高效且靠谱。
当然，事实上，这个需求黎老板早前也有与我提到，对应的，那么这个需求在「作物学」相关科研工作，必然是存在且重要。于是，有了今天这个插件「Genome VarScan」。

插件简介

「Genome VarScan」只需要用户输入两个基因组序列文件，设置一个输出目录，点击「Start」，等待即可。逻辑上，对于水稻，我这边只需要不到10分钟。

直接上示例

大概 10 分钟搞定。
输出文件如下

对于其中的paf文件，可以直接用 TBtools 的 Paf Viz 功能查看

但是事实上，我会更关心下面这个文件

虽然比较大，但是信息比较全，默认输出是包括所有 SNP，考虑限制变异位点的宽度为大于0，也就是至少是1bp长度变化，那么就只有插入缺失。

可以看到这是一个大片段的缺失

当然，很多时候，我们最喜欢的还是大于30bp，但是又小于200bp的变异位点，那么我会建议，用这个
image.png
如此，我们会得到一个相对较小的文件。

当我们得到这个文件，那么其实接下来的事情就比较简单：

1. 简单筛选一下，保留感兴趣的行
2. 使用「Batch Target Region Primer Design」，使用参考基因组序列进行批量引物设计
3. 使用「Primer Check」分别对两个物种进行批量引物筛选，找到材料内特异的位点
4. 简单比较统一引物在不同材料中是否确实有长度差异
5. 用于实验验证
6. 用于选育种

大体如下，首先是批量引物设计

复制引物之后转换成 Fasta 格式，检测在一个材料中的特异性

可以同时检测在另一个材料中的特异性

一共是 5000对 引物左右，所以咱们就慢慢先等着结果。估计至少要等上一段时间吧。具体没测试。建议过夜培养。晚上没吃饭，刚才去吃了宵夜回来。没想到就过了12点。似乎还是跑了很久，必须过夜培养了。也罢，只选几个引物看看。

随便选两对引物，都可以直接用于跑标记....

写在最后

很多时候，你只需要知道自己在干什么就行。其他人常常只能看到他们能看到的东西，而你不一样。