生信星球培训第139期

学习小组day6笔记-R包-Sara

2022-05-13  本文已影响0人  sarashang

安装和加载R包

dplyr五个基础函数

dplyr两个实用技能

dplyr处理关系数据

安装和加载R包

install.packages(“包”)
BiocManager::install(“包”)  #安装包
library(包)
require(包)   #加载包

eg.

Error:

  1. Warning message:
    程辑包‘dplyr’是用R版本4.1.3 来建造的
    Solution:
    先打开R的GUI,在进行如下操作。
install.packages("installr")
library(installr)
updateR()
  1. The following objects are masked from ‘package:stats’:decompose, spectrum
    解决方法:
library(igraph,warn.conflicts = F) 
 # 去除警告

https://blog.csdn.net/ouyangk1026/article/details/122165567

dplyr五个基础函数

mutate(),新增列

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

select(),按列筛选

select(test,1)
select(test,c(1,5))
select(test,Sepal.Length)

filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

summarise():汇总

summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个实用技能

管道操作

%>% (cmd/ctr + shift + M)

test %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
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