cellranger(三)
2024-01-31 本文已影响0人
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4.cellranger aggr:
用于整合count或者multi的结果。
5.cellranger reanalyze:
对count multi aggr的结果进行重新分析，分析过程中可以调整参数以达到重新聚类的目的。
总结
不同情景下各模块的分析如下所示：
单样本单次建库单次测序：mkfastq+count
单样本单次建库多次上机：多个mkfastq+单次count
单样本多次建库单次上机：单次mkfastq+多次count+单次aggr
多样本多次建库单次上机：单次mkfastq+多次count+单次aggr
多样本单次建库单次上机：单次mkfastq+单次multi
多样本单次建库单次上机：单次mkfastq+单次multi
