1. Linux系统下软件的安装-入门

linux的应用商店conda的安装
conda可以为Linux系统下安装软件提供一个平台，需要的软件可以从中搜索并安装，因此我们需要先安装conda，这里以miniconda为例进行安装。
具体步骤：
1.查看服务器的位数 （uname -a）

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可以看到是64位的
2.上清华的镜像站上复制minconda的链接，这里是使用的最新版的链接(2019-10-26 03:35).
3.Linux上切换到一个安装软件的目录，使用'wget +链接'这样的命令形式进行下载安装。
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4.完成后输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（注意和Windows一样中间有很多license agreement，。可以看一下，然后继续yes或回车）
出现了这个说明安装成功了，

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5.输入 source ~/.bashrc conda激活conda。再输入conda可以看到conda的说明呀，命令参数呀等等
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conda安装完了，现在找个网速好点的镜像，提高在其中下载软件的速度
这个时候可以用清华的镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
成功后可以用 conda list查看conda里面有什么软件，也可以使用 conda search +软件名来搜索需要的软件，并使用conda install +软件名安装，这里安装的是质控软件fastqc（自动安装可以加个 -y）.
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可以看到fastqc的版本，可以找一个版本安装conda install fastqc=0.11.7，或默认安装最新版的

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最后卸载的话，使用conda remove fastqc -y即可卸载当前环境变量下的fastqc软件。

2. conda环境的设置（重要！）

目的（自己理解的）：不同的软件需要在合适自己的环境下运行，一套数据流程分析下来，需要结合多个软件才能使用，所以需要多个环境配合使用不同的软件。
如何添加环境呢？
1.先查看conda目前的环境conda info --envs，可以看到目前的环境是base

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2.添加新环境并安装在这个新环境下的软件conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y（以rna转录组 在python版本为3下安装fastqc和trimmomatic两款质控软件为例）
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3.可以看到，若想激活新环境rna-seq可以使用conda activate rna-seq，使用后命令的开头由base环境变成了rna-seq。
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最后注意一点，删除某个软件需要将其切换到某个环境中删除！
OVER~~